Integrated Genome Browser

Software Review

Integrated Genome Browser (IGB) er et open source-program, der bruges til at se og udforske store genomiske datasæt. Du kan se forskellige dataformater, interagere med dine data, oprette grafer, gemme dine oplysninger som billeder og dele dine data med samarbejdspartnere.

IGB giver dig mulighed for at se data fra annotationer og tilpassede sekvenser. Programmet understøtter en række forskellige formater såsom FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband og GenBank. Du kan tage data og omdanne dem til en række forskellige grafformer, herunder mismatchgrafer til at fremhæve dataforskelle og dybtgrafer til at vise dækning. Du kan også interagere med dine data gennem IGB's zoom- og panoreringsanimationer.

IGB giver dig mulighed for at få adgang til og indlæse genomer fra QuickLoad-steder, som er enkle systemer af mapper, sekvenser og andre datafiler til visualiseringsformål. IGB giver avanceret funktionalitet med plugin-understøttelse for at tilføje funktionalitet og automatisering af arbejdsgangen ved hjælp af scripts. IGB giver dig også avancerede funktioner til deling af dine data, hvad enten det drejer sig om at offentliggøre dem som et JPEG-, PNG- eller SVG-billede af høj kvalitet eller gemme data i Dropbox for at give dine samarbejdspartnere adgang til dit projekt.

IGB bruges primært af universitetsforskere, biologer og bioinformatikere. Det giver avancerede værktøjer til at åbne en række forskellige genomdataformater, visualisere data som forskellige grafer og dele data med samarbejdspartnere. Desværre er programmet afhængig af tilskud til fortsat udvikling, hvilket betyder, at støtten til programmet kan ophøre når som helst. Integrated Genome Browser er dog stadig et kompetent og tilpasningsdygtigt program for brugere, der ønsker at udforske og analysere deres genomdata.

▶ Andre filudvidelser brugt Integrated Genome Browser 9